Blastocysta zagnieżdża się w błonie śluzowej macicy w czasie, gdy błona ta znajduje się w fazie wydzielniczej cyklu miesiączkowego – jest gruba, miękka, pulchna i dobrze ukrwiona, a jej gruczoły intensywnie wydzielają śluz.

Około 11.–12. dnia po zapłodnieniu, blastocysta jest już całkowicie zagnieżdżona. Stopniowo jej części składowe ulegają dalszemu różnicowaniu. Z węzła zarodkowego wyodrębniają się komórki tworzące tkanki pierwotne, czyli listki zarodkowe: ektodermę i endodermę, a nieco później mezodermę. Z trofoblastu natomiast powstają pierwsze struktury przyszłego łożyska. Proces formowania listków zarodkowych nosi nazwę gastrulacji i prowadzi do powstania trójwarstwowej, płaskiej struktury o owalnym kształcie – tarczki zarodkowej.

Komórki każdego z trzech listków zarodkowych namnażają się, przemieszczają, skupiają i różnicują według ściśle określonego schematu, dzięki czemu dają początek odpowiednim narządom i układom narządów. Narządy charakterystyczne jedynie dla wczesnych etapów rozwoju nazywamy narządami pierwotnymi. Należą do nich m.in. struna grzbietowa i cewka nerwowa. Z czasem zostaną one zastąpione przez określone tkanki i narządy ostateczne, np. w miejsce struny grzbietowej powstanie kręgosłup, z cewki nerwowej rozwinie się mózgowie i rdzeń kręgowy.